In de abdijrefter, -kerk en -pandgangen wordt de historische pracht van het patrimonium waarin het STAM gehuisvest is duidelijk. Om de ruimtes en de interieurs voor zich te laten spreken zijn ze zo sober mogelijk aangekleed en kregen ze slechts een minimale museale invulling. Kerk en refter hebben een uitzonderlijke akoestiek en er worden af en toe concerten gegeven. De thesaurie is een speciaal geval: dit is een interieur dat oorspronkelijk uit het Stadhuis komt, een collectiestuk dat een vaste plaats heeft gekregen in het abdijpatrimonium.
Architecturaal gezien is de 14de-eeuwse refter van de Bijlokeabdij een ideale gotische ruimte. Zeven spitsbogen dragen een houten tongewelf dat een ruimte van 10 op 31 meter overspant. De hoogte tot in de nok bedraagt 13,70 meter. De bogen rusten op ranke halfzuiltjes van Doornikse steen met sierlijke ornamenten.
Zoals in de middeleeuwen de gewoonte was, zijn de stenen muren afgewerkt met kalk-, pleister- en verflagen. De aanblik van de ruimte wordt verfijnd door bouwkundige elementen zoals de overwelving en de fijne zuiltjes. Maar het meest frappant zijn de muurschilderingen, met hun sierlijk lijnenspel en gedempt kleurenpalet. Ze stellen het Laatste Avondmaal, de Zegening van Maria, de H. Christoffel en de H. Johannes de Doper voor.
Het meest gekend en geroemd is de westgevel van de refter. Verschillende gotische sierelementen zijn er op een unieke wijze geïntegreerd. Dit pareltje van baksteengotiek illustreert het grote vakmanschap van die tijd. Metselaars slaagden erin de gotische vormentaal perfect in baksteen om te zetten.
In de refter staat in functie van het STAM slechts strak meubilair, dat opgesteld kan worden als een lange reftertafel met banken of als een podium met stoelen. Er weerklinkt permanent polyfone muziek.
Deze 'Abdijkerk II' fungeerde vanaf het midden van de 17de eeuw als gebedsruimte van de Bijlokeabdij. Het was de opvolger van de oorspronkelijke 13de-eeuwse abdijkerk, die werd verwoest in de woelige 16de eeuw.
Aanvankelijk omvatte deze oostvleugel verschillende ruimtes op het gelijkvloers en werd de volledige verdieping ingenomen door een dormitorium of slaapzaal voor de koorzusters. Het is de oudste nog bewaarde abdijvleugel. Uit dendrochronologisch onderzoek (datering op basis van groeiringen) van de eikenhouten dakkap bleek dat ze gemaakt is van bomen die tussen 1310 en 1330 werden geveld.
Aangezien de financiële middelen voor de heropbouw van de oorspronkelijke abijkerk ontbraken, besloten de zusters een deel van de oostvleugel om te vormen tot een kerk. Het gelijkvloers en de eerste verdieping werden samengevoegd en in de oostmuur werden zes grote vensters aangebracht. Men was gebonden aan de oriëntatie van het gebouw en noodgedwongen werd het altaar aan de noordzijde geplaatst.
Het heterogene interieur weerspiegelt de bewogen geschiedenis van het gebouw. Abdis Sabina Bruggheman liet in 1791 – kort voor de sluiting van de abdij – een nieuwe stucdecoratie aanbrengen. Haar wapenschild is boven het altaar aangebracht. Op de tegenoverliggende muur staat het wapenschild van de abdij. Van de meubilering uit deze periode blijft enkel nog het orgel over.
Enkele jaren na de terugkeer van de zusters in 1802 werd de voormalige kerk in gebruik genomen als kloosterkapel en stapsgewijs terug ingericht. Hiervoor kocht men aanvankelijk stukken afkomstig uit andere gebedshuizen, waaronder het altaar en de communiebank uit de kapel van de wevers. Later vulden de zusters dit aan met nieuwe neogotische stukken, zoals de heiligenbeelden.
Binnen het STAM fungeert de abdijkerk, waarvan de muren nu volledig wit
geverfd zijn, als joker door de vrije ruimte die ze biedt en de
aansluiting die ze geeft op zowel abdij als klooster.
Ze wordt ingezet voor evenementen en tijdelijke tentoonstellingen. Het
geld gewonnen met de Vlaamse Monumentenprijs 2011, betaalt een
voorstudie voor het restaureren van de altaarwand.
De pandgangen fungeren als tijdslijn voor het verhaal van de stad dat in de abdij wordt verteld. In de pandgangen hangt een fotoreeks van de bekende fotograaf Carl De Keyzer die het hedendaagse Gent in beeld brengt. Hiervoor werden locaties gekozen die de historische gelaagdheid van de stad tonen.
Het enige meubilair dat in de pandgangen staat, zijn banken waarop u als bezoeker naar verhalen kunt luisteren.
De thesaurie is een 17de-eeuws interieur uit het stadhuis, dat sinds de 19de eeuwe deel uitmaakt van de museumcollectie en in de 20ste eeuw naar het Bijlokecomplex werd overgebracht. Dankzij de steun van het Mecenaatsfonds ING beheerd door deKoning Boudewijnstichting, kon het STAM het schitterende goudleder en de andere interieurelementen restaureren.
De restauratiewerken namen twee jaar in beslag. Het restauratieteam verwijderde de vellen goudleder (ca. 1660-1700) uit de kamer en bracht ze over naar het atelier waar de eigenlijke conservatie is gebeurd. Het was een monnikenwerk van reinigen, relaxeren van verharde panelen en herstellen van lacunes en scheuren. Ook de barokke interieurelementen van de kamer werden door restaurateurs onder handen genomen: het schouwstuk ‘De vier seizoenen’ van Jan van Cleef, de schouwmantel en de lambriseringen.